Es un entorno y lenguaje de programación con un enfoque en el análisis estadístico.
R es parte del sistema GNU y se distribuye bajo la licencia GNU GPL. Es un lenguaje popular dentro del Machine learning, minería de datos, econometría, biología, bioinformática e inferencia estadística.
Aplicaciones en Biología
En Biología existen muchas aplicaciones que pueden llevarse acabo con R, por ejemplo:
Estadística (Análisis de biodiversidad, comparaciones de muestra, homogeneidad de varianzas, etc)
Conteos de especies y desarrollo de mapas
Gráficas (dendogramas, clústers, diagramas)
Interfaz de R
Figura 1. Interfaz de R Studio
Algunas consideraciones
Figura 2. Interfaz de R Studio
Diferencias entre usar la consola y la zona de script
Cuando usas solo “console” no podrás guardar tu script pero obtendrás un resultado rápido. Al usar la zona de script el código se quedará ahí. Es util usar console si necesitas comprobar o sacar un resultado rápido.
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Instalación de paquetes
# Instalar un paqueteinstall.packages("tidyverse")
package 'tidyverse' successfully unpacked and MD5 sums checked
The downloaded binary packages are in
C:\Users\Xavier\AppData\Local\Temp\RtmpiAMdbB\downloaded_packages
# Cargar libreríalibrary("tidyverse")# La librería debería estar cargada. carguemos una de las librerías. Por defecto están las siguientes: library(ggplot2)
Y si no conozco la sintaxis del código?
#Puede surgir la necesidad de buscar la sintaxis del código, pasa frecuentemente y espero no ser el único. Sin embargo esto puede solucionarse de la siguiente manera:
Ejemplo:
# ?install.packages# A tu derecha en "help" se abrirá la ventana con las ayudas disponibles para el comando.# ?ggplot2#Lo mismo ocurriría con ggplo2.
¿Y si necesito algo más específico?
#Con ggplot2 puede ser así: Debe anteponerse "?"# ?geom_bar# ?geom_point
¿Qué tipo de pruebas puedo utilizar en R?
Según el criterio son muchas. Las pruebas más utilizadas que podrías necesitar (paramétricas / no paramétricas) son:
pruebas_paramétricas pruebas_n_paramétricas
1 T de Student Kruskal Wallis
2 ANOVA 1 vía y 2 vías U de Mann Withney
3 Correlación de Pearson Correlación de Spearman
4 Prueba T para muestras dependientes Prueba de Wilcoxon
5 Prueba para muestras independientes Prueba de Friedman
Conceptos claves para la próxima clase
En esta sesión miraremos los siguientes conceptos claves:
Conceptos importantes
Conceptos
Definiciones
Plots
Diagramas básicos que vienen con R
Barplots
Observar tendencia de una muestra, frecuencias, etc
